Основним напрямом досліджень є аналіз стану, основних тенденцій та перспектив розвитку економічних взаємовідносин України і Росії та їх впливу на територіальну диференціацію базових показників соціально-економічного розвитку регіонів України, виходячи з найважливіших аспектів економічної взаємозалежності обох країн. Окремим аспектом цієї проблеми є регіональне соціально-економічне співробітництво України і Російської Федерації, в тому числі розвиток співробітництва прикордонних регіонів, зокрема, з використанням потенціалу вільних економічних зон (ВЕЗ) в регіонах України як сфер інтересів російського капіталу.

Результати цих досліджень є підгрунтям розробки основних напрямів регіональної економічної політики України з урахуванням політичної та соціально-економічної ситуації в окремих регіонах Росії, яка також здійснюється у відділі.